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====ふたたび混迷の時代へ====
2001年限りで長嶋監督が勇退し、[[原辰徳]]監督が就任。1年目で全球団から勝ち越す完全優勝を達成、日本一にも輝いた。その一方でシーズンオフにチームの柱であった松井秀喜がアメリカ・メジャーリーグへ移籍してしまう。<br />
この時期のジャイアンツは長年の金満補強のため、若手選手を育成する能力を失っており、フロントでは松井に代わる大砲としてヤクルトからロベルト・ペタジーニを購入。これに対して原監督は清原との守備位置の問題を解決できず現場が大混乱、原監督は責任を取りわずか2年で辞任してしまう。この辞任に関して、人気のある原監督と渡邉恒雄オーナーとの確執がマスメディアに報じられ、それに失望した巨人ファンが離れる要因となった。またこの混乱が原因で引退を決意していた[[川相昌弘]]がコーチ就任要請を辞退して中日に移籍するなど、将来の幹部候補の頭脳流失も発生した。<br />
2004年からは堀内恒夫が監督が就任する。近鉄の大砲タフィ・ローズ、ダイエーの主砲小久保裕紀らを獲得したため、生え抜きの高橋由伸らに加え、かねてより所属する清原和博（元西武）、ペタジーニ（元ヤクルト）、江藤智（元広島）などの他球団の4番打者だらけという超重量打線となった。これにより年間259本塁打という驚異的本塁打数を築いたが、投手陣が崩壊。このころには巨人人気が一気に下降し、観客動員数は減少、テレビ放映も減ってしまった。堀内監督はチームを作ることさえできないまま成績不振の責任を取って退任した。