「コミックボンボン」を編集中 (節単位)

====大判化、休刊====
こうしてかつての人気作品が編集部の「好み」で打ち切られたことから作家陣、及びこれまでの読者からの反感を買い、生き残った人気作品では『サイボーグクロちゃん』や『へろへろくん』などがアニメ化するなど健闘したが、アニメ制作会社が倒産してしまっている。<br />
さらに2000年代に入ると『[[機動戦士ガンダム]]』の主導権を角川書店に掌握されてしまい、ボンボンで活動していたときた洸一も角川へ移籍してしまう。さらに過去にボンボンが上述の通り切り捨てたかつての看板作品『ロックマン』シリーズ<ref>実はボンボンで打ち切られてからコロコロに載るまでの間、漫画連載はないがVジャンプで特集を組んでいた時期があり、特に『ロックマンDASH』シリーズのユーザー参加型企画はVジャンプで募集していた。</ref>は[[コロコロコミック]]で連載開始されるとこれまでにない勢いをつけ、ファミ通のクロスレビューで理不尽に低評価されることもなくなり、当初の目的のTVアニメ化も果たし劇場版も製作された。また、ボンボンとタイアップした玩具は全く注目されなくなり、ゲーム関係では『ポケットモンスターファイアレッド・リーフグリーン』の発売を見て開発された『メダロット』の第一作目のリメイク『真型メダロット』はユーザーから駄作と呼ばれる出来栄えだったため、以降休刊後の2010年に[[ニンテンドーDS|DS]]で新作が発売されるまでシリーズが途絶えた。こうしたことから2005年頃にはゲーム、玩具関係とのタイアップが行われなくなると同時に突然誌面が大判化された。この大判化に雑誌としての[[56話『最早、末期を告げねばならぬ』|末期]]を感じた元作家や読者も多かった。<br />
以後は『デルトラクエスト』<ref>エミリー・ロッダの児童小説。ボンボンで連載された漫画は[[週刊少年ジャンプ]]で『真島クンすっとばす!!』などを連載したにわのまことが執筆。</ref>の記事、特集、漫画にページを費やすようになり「月刊デルトラ」と揶揄されることになる。加えて『ゲゲゲの鬼太郎』の五度目のアニメ化に合わせ、ほしの竜一による漫画が連載されこの二作品を中心に展開していくことになるが、他は[[週刊少年マガジン]]出身作家による連載作品やスピンオフ作品に読み切り、打ち切り作品が目立った。また『[[魔法先生ネギま！]]』のアニメ第二期のコミカライズである『ネギま!?neo』が連載され、[[週刊少年マガジン]]の人気作品にまで手を出してしまい、迷走に歯止めがきかなくなっていたのは明らかであった。<br />

そして、2007年の末に休刊することとなり、その後継誌として「月刊ライバル」が創刊されるも、実際に創刊されれば「月刊ライバルはコミックボンボンの後継誌ではない」と主張され、コミックボンボンとのはしごを外される羽目になり、最終的に後継誌となったのは、テレビマガジン増刊扱いの季刊誌「テレまんがヒーローズ」だが、こちらも結局2009年をもって休刊となり引き継いだ連載作品も打ち切りとなる<ref>ただし『デルトラクエスト』はコミックスにて残りのエピソードを描き下ろしで収録している。</ref>。だが上記の『ネギま!?neo』だけはボンボン休刊後マガジンSPECIALに移行し連載を全うできた。<ref>ちなみに、同じく休刊した雑誌『月刊マガジンZ』から『ウルトラマンSTORY 0』が移籍連載したが、休刊に伴いウェブコミック配信サイト『MiChao!』に移籍。その後、『MiChao!』の更新終了に伴いテレビマガジン公式ホームページにて連載が続行されたという経緯を辿っている。</ref>また角川書店から創刊された「月刊ケロケロエース」では『SDガンダム三国伝』を『BB戦士三国伝』と改題し引き継ぎ、この雑誌に移籍した元ボンボン作家も多数見かける。<br />

そして、月刊ライバルも読者イメージ像として「[[オタク]]ではない普通の元気な男の子」と掲げておきながら『[[THE IDOLM@STER|アイドルマスター]]』や『[[ラブプラス]]』といったオタク向けの漫画を連載して早くも迷走を始めてしまい、結局、2014年6月をもっての休刊が発表され、新たな少年漫画誌の刊行に向けて研究を進める旨が編集部より発表された。