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====黄金期====
80年代末辺りからはガンダムシリーズのTV放映がないこともあり、SDガンダムが中心となっていったが、これが武者や騎士といった自由で豊富な世界観やデザインがうけて小学生の間で流行した。そのため昭和50年代以後生まれの人はSDガンダムからガンダムに入った人も少なくない。<br />
ガンダム以外でボンボンの黄金期を支えていたのは、『ゲゲゲの鬼太郎』が三度目のアニメ化がされたのを期に連載されたほか、『おそ松くん』や『天才バカボン』をはじめとした[[赤塚不二夫]]作品は、「赤塚不二夫劇場」という赤塚作品枠が90年代前半まで設けられており、さしずめ[[コロコロコミック]]にとっての[[藤子不二雄]]のような扱いだったといえる。<br />
90年代前半に突入するとそれらの作品に加え「リトルグルメ」が当時の少年達にトラウマを与えた[[秋元康]]原案の『OH！MYコンブ』や、ゲーム関連の作品が誌面を賑わせついに部数で[[コロコロコミック]]を抜いた。<br />
特にゲーム関係の作品では『ロックマン』は実はガンダム以上に表紙を大きく飾る機会が多く、看板作品となっていた。また、本山一城の『スーパーマリオ』シリーズは[[コロコロコミック]]で『[[ドラえもん]]』に次ぐ長期連載作品の沢田ユキオの『スーパーマリオくん』と比較した上で「マリオコミック界では沢田版は徳川家康、本山版は織田信長」と評されていた。他に『がんばれゴエモン』は連載した帯ひろ志の描いたヤエちゃんが当時の読者に衝撃を与え、それを抜きに考えても漫画自体も好評で長期連載となった。加えて細井雄二の連載した『餓狼伝説』シリーズは、登場人物達の強烈な台詞回しなどから「ボンガロ」の愛称で現在でもカルト的なネタ漫画として話題となっている。<br />
1993年に『機動戦士Vガンダム』で数年ぶりにガンダムシリーズのTV放映が復活したことで、ボンボンでもコミカライズが連載されるがこのVガンダムはアニメ版と大きく展開がことなり、当時の読者の間で上述の『餓狼伝説』と並ぶ「ボンボンネタ漫画」として印象に残っているらしい。なお『機動武闘伝Gガンダム』以降長年に渡りボンボンでガンダム関連の作品を描き続けてきたときた洸一は『新機動戦記ガンダムW』の連載時にボンボン誌上でファンクラブの会員を募集していたが、その会員特典でときたの描く所謂[[ボーイズラブ|あれ]]な同人誌が読めてしまうため、何も知らない男子小学生が会員になっていたりしていないだろうかと当時の[[腐女子]]の間で心配されていた。